一、基因表達量差異研究
數字PCR儀檢測時不依賴傳統的Ct值即可實現真正意義上的絕對定量，從而提供了比實時熒光定量PCR更精確的基因差異表達研究，尤其對于那些靶基因表達差異微小的情況，如microRNA的表達分析，等位基因的不平衡表達，單細胞基因表達分析等等。 二、表觀遺傳學及基因組學的研究
1.拷貝數變異（CNV）研究：微滴化的樣品處理及檢測，這種繞過Ct值的計算方法而直接獲取目標基因的絕對拷貝數，為拷貝數變異的研究提供了絕對的檢測精度。是其他諸如二代測序、芯片雜交等平臺無法達到的。
2.甲基化含量鑒定：作為表觀遺傳學研究中重要的一個研究方向--甲基化程度分析，現階段有不同的方法或技術來進行研究：如傳統的亞硫酸氫鹽處理后的克隆測序統計法、抗體檢測法、定量PCR檢測法等。這些方法皆因方法學的問題而不能獲得精確的定量，而數字PCR儀通過對樣品的微滴化處理及目標因子的絕對拷貝數定量，為甲基化程度的精確定量檢測提供了一種全新的技術。
3.低豐度及稀有序列的精確定量：目前對于低豐度目標序列的檢測，定量PCR、雜交等方法都因受到背景DNA的干擾，使得檢測靈敏度及精確性都達不到精細定量的要求（如定量PCR檢測中Ct值大于33的情況下，其重復性就不是很高），而微滴式數字PCR系統通過核心的微滴化處理，使得稀有的核酸序列從大量的背景DNA中分離出來，從而提高了檢測的靈敏度及精確性。具體應用如在體液（血液、尿液、糞便等）中對腫瘤核酸標記物的檢測。
三、醫學檢測中的優勢
1.無創傷的產前診斷技術：無創傷的產前診斷,如21染色體為3倍體的唐氏綜合征(現有人使用二代測序進行深度測序)、已知父母基因型的胎兒地貧檢測或已知父母基因型的其它核酸病檢測（跟孟德爾遺傳規律相關遺傳）。因為標本來源于目前的血液，而待檢測的胎兒DNA受到母體DNA的干擾，影響了檢測的準確性。而QX200檢測系統*的微滴化技術可以代替剛剛興起的二代測序法來進行的無創傷產前診斷，從而提高工作效率及節約成本。
2.數字PCR儀個性化基因治療的應用：我們常用的檢測標本常常是如血液、糞便、尿液等體液來源，對于這些標本中的DNA，其有兩種來源途徑：正常脫落體細胞的DNA和病變脫落細胞的DNA，而正常脫落體細胞的DNA量是遠大于病變組織脫落細胞的DNA量的，為此通過微滴化處理就能在每個微滴中有效的減少體細胞DNA的干擾，實現腫瘤標記物的有效檢測，可應用于個性化基因治療(如肺癌等相關的EGFR、KARS、BRAF基因的SNP突變檢測從而來指導用藥方案的選擇與調整)
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